パソコン通信を知ったマコトは、入団資格テストに合格して「電子探偵団」のメンバーになりました。マコトが住んでいる地域の小学生だけを対象にした、パソコン通信のネットワーク「電子塾」にアクセスし、毎週２回の電子操作会議に参加しています。活動内容は、飛鳥（あすか）・ダイ・みずきの３人といっしょに、団長のネロが出題する「事件」を解決することです。

　 飛鳥が出くわしたなぞの出来事についてみんなで考えたのがきっかけで、メンバーがふしぎに思ったことについても推理するようになった探偵団。マコトは、夏休み中に家のケーキ屋を手伝っている時に出くわした事件について、みんなに相談しました。将棋大会に出たダイにもふしぎな出来事が起こり、みずきもジョギング中に見たことを話したのだけど……？