瀬戸内にうかぶ小島・葉名島（はなじま）の、児童わずか7人の水見色小学校に、新しい先生がやってきた。どんな先生がやってくるのか、わくわくして待ちきれないヨウと修平（しゅうへい）は、校長室であいさつをしている先生のすがたをのぞきに行く。

　報告を待つクラスメートに、2人は言った。
「新しい先生は、口をきかんのじゃ。」
「口をきかんのか。」
「うん、何を聞いても、こくり、だけじゃ。」
「口を……きかん先生。」

　実は、新しくやってきた吉岡（よしおか）先生は、子どものときの病気が原因で口をきけなかったのである。子どもたちは、「口をきかん」吉岡先生に「機関車先生」とニックネームをつけた。

　 口はきけないけれど、大きくてあたたかい吉岡先生。先生のまわりで数々の事件が起こるたびに、子どもたちは先生と心の交流を深め、人間のやさしさや自然のたいせつさを学んでいく……。